Pomimo skuteczności, sympatektomia pozostaje leczeniem najbardziej inwazyjnym i obarczonym licznymi efektami ubocznymi. A zatem decyzję o tej formie leczenia należy podjąć jedynie po dokładnym przemyśleniu wszystkich za i przeciw. Ta forma leczenia pozostaje ostatnia ewentualnością i nie należy decydować się na nią pochopnie.
Wśród licznych efektów ubocznych należy wymienić przede wszystkim:
Oczywiście, jak w przypadku każdej formy leczenia operacyjnego, tak i w przypadku sympatektomii piersiowej możliwe są różnorodne powikłania okołooperacyjne. Należą do nich: